为了适应建立社会主义市场经济体制的需要，1994年1月，我国再次对工商税制进行了全面的改革，这次改革是建国以来规模最大、范围最广、内容最深刻的一次税制改革，与这次税制改革相适应，出口货物退(免)税办法也进一步得到了改进和完善。国务院［1994］134号令颁布的《中华人民共和国增值税暂行条例》第二条第三款明确规定：纳税人出口货物，税率为零。第二十五条又进一步明确：纳税人出口适用率为零的货物，向海关办理出口手续后，凭出口报关单等有关凭证，可以按月向税务机关申报办理该项出口货物的退税。国务院［1994］135号令颁布的《中华人民共和国消费税暂行条例》第十一条规定：对纳税人出口应税消费品，免征消费税。由于不同税种税率设计原则不同，增值税涉及生产、流通各环节，可按零税率的原则退（免）税；消费税由于仅涉及到生产环节纳税，可就直接出口（收购出口）部分退（免）税。最终均达到出口货物销售收入中应纳增值税、消费税税负为零。根据上述指导思想，国家税务总局先后研究制定并颁布了《出口货物退（免）税管理办法》[国税发（1994）31号文]、《出口退税电子化管理办法》[国税发（1996）79号文]、《关于出口货物退（免）税实行分类管理的通知》[国税发（1998）95号文]、《出口货物退（免）税清算管理办法》[国税发（1999）6号文]及一些单项规定。这些文件对出口货物退（免）税的范围、出口退税电子化管理、计税依据、计算办法、常规管理及清算检查等问题作了具体的规定，标志着我国出口货物退（免）税制度逐步走上了法制化、规范化的轨道。
出口货物退（免）税政策方面
1、出口退（免）增值税货物的退税率作了多次调整。1994年国家统一进行税制改革时确定了出口货物退（免）增值税征、退税率一致的政策，后来由于国家经济形势、财政负担、税收征管水平以及防范骗取出口货物退（免）税等方面的原因，于1995、1996年大规模降低了出口货物退（免）税税率，后由于国家经济紧缩政策结束和亚洲金融风波等方面的影响，又于1997、1998、1999年多次普遍或部分提高了出口货物退（免）税税率，至2000年形成了17%、15%、13%、6%、5%共五档增值税退税率。消费税出口货物退（免）税税率是随着其征税税率的改变而作相应调整的。
2、 出口货物退（免）税的范围作了调整。主要包括：
（1）在国内企业出口货物并运往境外作为国外投资的货物给予退税；
（2）利用外国政府或国际金融组织贷款，通过国际招标，由国内企业中标的机电产品恢复退税；
（3）对境外带料加工装配业务所使用出境设备、原材料和散件给予退税；
（4）利用中国政府的援外优惠货款和合资合作项目基金方式下出口的货物给予退税；
（5）列名钢铁企业销售用于出口货物的钢材；
（6）中国免税品公司统一管理的出境口岸免税店销售六大类国产品给予退税；
（7）外商投资企业采购的列名的国产设备；
（8）外国驻华使（领）馆及其外交代表（领事官员）购买中国产物品给予退税，并对国际组织驻华代表机构及其官员购买特定的中国产物品给予同等待遇；
（9）1994年1月1日以前成立的外商投资企业可对自营或委托外资企业代理出口的自产货物选择“先征后退”“免、抵、退”或继续实行“不征不退”的免征政策；
（10）对生产企业自营（委托）出口的自产货物实行“免、抵、退”税办法。
3、出口货物的计算办法作了调整
为了使出口货物退（免）税计算更加准确，同时也为了配合出口企业新会计制度改革和财务部门划细核算的需要，对出口货物退（免）税的计算方法作了一些调整：一是将出口退税的计算方法由“加权平均单价法”改为“单票对应法”；二是对少数规格特别复杂而在短期内财务上难以划细核算的出口货物可继续实行区域“加权平均单价法”计算退税；三是自营出口生产企业可以选择实行“先征后退”或者“免、抵、退”的办法计算出口货物退（免）税。
出口货物退（免）税管理方面
1、1995年开始外贸企业实行出口货物退税的计算机管理；2000年启用的二期网络版开始所有企业实行出口货物退（免）税计算机管理，使出口货物退（免）税的管理水平和管理效率大大提高。
2、敏感地区购进和出口的货物办理退（免）税时实行函调管理办法。
3、完善和规范制定了出口货物退（免）税年度清算管理办法。
4、对出口企业出口货物退（免）税管理实行分A、B、C、D类管理办法。
5、出口货物退（免）税稽核管理和出口企业办税员持证上岗、培训考核制度得以进一步强化和规范。
6、制定出口货物退（免）税管理规程使出口货物退（免）税管理更加规范，依法行政的力度大大加强。
